Чем отличается увольнение по соглашению сторон от увольнения по собственному желанию?

Здравствуйте! Да, разница есть. При увольнении по собственному желанию вам выплачивается только зарплата за отработанное время, компенсация за неиспользованный отпуск. Если увольняетесь по соглашению, в нем может быть предусмотрено дополнительное пособие. Обычно его выплачивают, если работодатель хочет уволить сотрудника, но не за что, - тогда ему проще заплатить "отступные". 

При увольнении по собственному вам может быть назначена двухнедельная отработка, если этого потребует работодатель - имеет право. По соглашению дата определяется сторонами самостоятельно и может быть любой, то есть можно уйти и без отработки. 

В остальном особых различий нет.