Можно ли вернуть материнский капитал на счёт из личных средств после ипотеки?

Здравствуйте! Возврат денег на счет в вашем случае невозможен. Выделять доли нужно только в доме, для строительства которого использовался маткапитал, пусть он и был направлен на первоначальный взнос (ч. 4 ст. 10 ФЗ №256-ФЗ:

Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению. В этом случае правила части 1.1 статьи 30 Жилищного кодекса Российской Федерации не применяются.