Выписать человека из квартиры

Здравствуйте! Насколько я поняла, умер не собственник, а основной наниматель, поскольку договоры соцнайма обычно заключаются с администрацией (собственником). Если это так, то вы можете потребовать признать себя основным нанимателем (ст. 82 ЖК РФ):

 Дееспособный член семьи нанимателя с согласия остальных членов своей семьи и наймодателя вправе требовать признания себя нанимателем по ранее заключенному договору социального найма вместо первоначального нанимателя. Такое же право принадлежит в случае смерти нанимателя любому дееспособному члену семьи умершего нанимателя.

Остальные члены семьи также будут выписаны в договор.

Насчет снятия с регистрационного учета. Пребывание одного из сыновей в тюрьме не является основанием для прекращения постоянной регистрации. Даже если вы выпишите его через суд, он все равно потом сможет восстановить прописку. Раньше можно было выписать осужденного, но сейчас такой возможности нет.