Как выписать внуков из муниципальной квартиры если у них есть другое жильё

Здравствуйте! Дочь сама может снять с регистрационного учета детей, подав заявление о регистрационном учете по месту фактического проживания. Без согласия родителей внучек вы можете их выписать только через суд. 

Шансы есть, поскольку дети должны быть прописаны по адресу родителей или одного из них (ст. 20 ГК РФ):

1. Местом жительства признается место, где гражданин постоянно или преимущественно проживает. Гражданин, сообщивший кредиторам, а также другим лицам сведения об ином месте своего жительства, несет риск вызванных этим последствий.

2. Местом жительства несовершеннолетних, не достигших четырнадцати лет, или граждан, находящихся под опекой, признается место жительства их законных представителей - родителей, усыновителей или опекунов.

Также основанием для снятия с регистрационного учета может быть неоплата коммунальных услуг, неучастие в содержании жилья. Для суда понадобятся подтверждающие документы: квитанции, чеки и пр. 

Судя по всему, дочь с внучками живут у вас, тогда в исковом заявлении заявляется еще и требование о выселении, а дело должно рассматриваться с участием прокурора.